zzh f915461205 解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试		2025-12-30 18:04:12 +08:00
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math	bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下	2025-12-28 14:33:45 +08:00
bam_buf.cpp	解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试	2025-12-30 18:04:12 +08:00
bam_buf.h	到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化	2025-12-20 16:35:45 +08:00
bam_wrap.h	重构了一下，大数据问题还没解决	2025-12-29 19:36:38 +08:00
base_utils.cpp	重构了一下，大数据问题还没解决	2025-12-29 19:36:38 +08:00
base_utils.h	重构了一下，大数据问题还没解决	2025-12-29 19:36:38 +08:00
binary_util.h	到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化	2025-12-20 16:35:45 +08:00
debug.cpp	解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试	2025-12-30 18:04:12 +08:00
debug.h	解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试	2025-12-30 18:04:12 +08:00
interval.cpp	到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化	2025-12-20 16:35:45 +08:00
interval.h	找到并行的问题了，是kt_for的steal策略，会导致处理的数据的idx小于已经处理过的。保留调试信息，并行结果和串行一致了	2025-12-30 12:48:59 +08:00
linear_index.cpp	到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化	2025-12-20 16:35:45 +08:00
linear_index.h	到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化	2025-12-20 16:35:45 +08:00
murmur3.h	到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化	2025-12-20 16:35:45 +08:00
profiling.cpp	继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题	2025-12-29 23:18:46 +08:00
profiling.h	继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题	2025-12-29 23:18:46 +08:00
read_transformer.h	重构了一下，大数据问题还没解决	2025-12-29 19:36:38 +08:00
report_table.cpp	bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下	2025-12-28 14:33:45 +08:00
report_table.h	bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下	2025-12-28 14:33:45 +08:00
sam_data.h	解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试	2025-12-30 18:04:12 +08:00
stable_array.h	初步并行实现，还没完全	2025-12-30 03:14:05 +08:00
utils.cpp	搭建串行框架	2025-12-04 22:26:13 +08:00
utils.h	继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题	2025-12-29 23:18:46 +08:00
vcf_parser.h	继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题	2025-12-29 23:18:46 +08:00
yarn.cpp	FastBQSR Init	2025-11-23 23:03:37 +08:00
yarn.h	FastBQSR Init	2025-11-23 23:03:37 +08:00