对GATK bqsr部分进行并行优化

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zzh f915461205 解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试		2025-12-30 18:04:12 +08:00
ext	解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试	2025-12-30 18:04:12 +08:00
src	解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试	2025-12-30 18:04:12 +08:00
test	在小数据集上结果与gatk一致（版本gatk-package-4.6.2.0-17）	2025-12-28 23:04:45 +08:00
.gitignore	改了一些问题，小数据集结果没问题，但是对于5G的稍微大一些的数据集还是错误	2025-12-29 16:48:55 +08:00
CMakeLists.txt	FastBQSR Init	2025-11-23 23:03:37 +08:00
README.md	FastBQSR Init and Merge	2025-11-23 23:07:13 +08:00

README.md

FastBQSR

对GATK bqsr部分进行并行优化

Implement the same functions as GATK for BaseRecalibrator and ApplyBQSR