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apply_bqsr_entry.cpp
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搭建串行框架
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2025-12-04 22:26:13 +08:00 |
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apply_bqsr_pipeline.cpp
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搭建串行框架
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2025-12-04 22:26:13 +08:00 |
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aux_arg.cpp
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初步并行实现，还没完全
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2025-12-30 03:14:05 +08:00 |
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aux_arg.h
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解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试
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2025-12-30 18:04:12 +08:00 |
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baq.cpp
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重构了一下，大数据问题还没解决
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2025-12-29 19:36:38 +08:00 |
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baq.h
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继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题
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2025-12-29 23:18:46 +08:00 |
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bqsr_args.h
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找到并行的问题了，是kt_for的steal策略，会导致处理的数据的idx小于已经处理过的。保留调试信息，并行结果和串行一致了
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2025-12-30 12:48:59 +08:00 |
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bqsr_entry.cpp
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对5.1G的数据，串行结果正确了，并行结果还没测试
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2025-12-31 11:16:13 +08:00 |
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bqsr_funcs.cpp
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继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题
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2025-12-29 23:18:46 +08:00 |
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covariate.cpp
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初步并行实现，还没完全
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2025-12-30 03:14:05 +08:00 |
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covariate.h
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初步并行实现，还没完全
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2025-12-30 03:14:05 +08:00 |
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nested_array.h
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修改多维数组实现方式，更有利于连续访存，修改reclatable的索引次序
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2025-12-30 01:21:13 +08:00 |
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qual_quantizer.h
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bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下
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2025-12-28 14:33:45 +08:00 |
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qual_utils.cpp
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bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下
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2025-12-28 14:33:45 +08:00 |
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qual_utils.h
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上一个commit为啥没有包含所有更改文件
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2025-12-28 23:06:03 +08:00 |
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quant_info.h
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bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下
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2025-12-28 14:33:45 +08:00 |
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read_recal_info.h
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重构了一下，大数据问题还没解决
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2025-12-29 19:36:38 +08:00 |
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recal_datum.cpp
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bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下
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2025-12-28 14:33:45 +08:00 |
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recal_datum.h
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找到并行的问题了，是kt_for的steal策略，会导致处理的数据的idx小于已经处理过的。保留调试信息，并行结果和串行一致了
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2025-12-30 12:48:59 +08:00 |
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recal_funcs.h
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对5.1G的数据，串行结果正确了，并行结果还没测试
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2025-12-31 11:16:13 +08:00 |
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recal_tables.h
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修改多维数组实现方式，更有利于连续访存，修改reclatable的索引次序
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2025-12-30 01:21:13 +08:00 |
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recal_utils.cpp
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继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题
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2025-12-29 23:18:46 +08:00 |
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recal_utils.h
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解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试
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2025-12-30 18:04:12 +08:00 |
zzh
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