对GATK bqsr部分进行并行优化

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zzh 022e70e1f3 解决了bug，现在apply bqsr结果一致了，原因是读取bqsr table的时候，并没有将table中的empiricalQuality赋值给Datum，是后续在计算质量分数的时候重新计算的empiricalQuality		2026-01-04 16:27:50 +08:00
ext	解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试	2025-12-30 18:04:12 +08:00
src	解决了bug，现在apply bqsr结果一致了，原因是读取bqsr table的时候，并没有将table中的empiricalQuality赋值给Datum，是后续在计算质量分数的时候重新计算的empiricalQuality	2026-01-04 16:27:50 +08:00
test	在小数据集上结果与gatk一致（版本gatk-package-4.6.2.0-17）	2025-12-28 23:04:45 +08:00
.gitignore	改了一些问题，小数据集结果没问题，但是对于5G的稍微大一些的数据集还是错误	2025-12-29 16:48:55 +08:00
CMakeLists.txt	实现了apply bqsr的单线程版本，结果还有点错误，继续调试	2026-01-03 22:10:46 +08:00
README.md	实现了apply bqsr的单线程版本，结果还有点错误，继续调试	2026-01-03 22:10:46 +08:00

README.md

FastBQSR

对GATK bqsr部分进行并行优化

对应的GATK版本：The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.6.2.0-17-g2a1f41b-SNAPSHOT

Implement the same functions as GATK for BaseRecalibrator and ApplyBQSR