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FastBQSR
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Commit Graph

  • b38214edd9 同上 main zzh 2026-01-06 14:40:04 +0800
  • 90f6bc5cc0 测试过了5.1GB的数据，串行和多线程结果一致 zzh 2026-01-06 14:39:48 +0800
  • 4f9fecf078 实现了并行，小数据上结果一致，大数据还没测试 zzh 2026-01-05 02:17:36 +0800
  • 022e70e1f3 解决了bug，现在apply bqsr结果一致了，原因是读取bqsr table的时候，并没有将table中的empiricalQuality赋值给Datum，是后续在计算质量分数的时候重新计算的empiricalQuality zzh 2026-01-04 16:27:50 +0800
  • 94e06338cd 实现了apply bqsr的单线程版本，结果还有点错误，继续调试 zzh 2026-01-03 22:10:46 +0800
  • 985875ebac 调整了计算read group的方式，当read group只有一个时，不需要计算 zzh 2026-01-01 09:40:46 +0800
  • 745963831d 完善了统计时间 zzh 2026-01-01 00:41:55 +0800
  • 95c4a16151 终于解决了最后的bug，并行结果与串行结果一致，与gatk一致。是index的search interval函数导致的，之前这个函数搜索的区间是包含大于等于start，而且大于等于end，正确的搜索应该是变异的end大于等于start zzh 2025-12-31 23:01:16 +0800
  • 65878bbf96 对5.1G的数据，串行结果正确了，并行结果还没测试 zzh 2025-12-31 11:16:13 +0800
  • 81cbd6831c 又解决了一个bug，忽略了有些read的过滤，把过滤函数放到append_one_bam里就好了，现在发现串行和并行结果还是有点不一致，正在调试 zzh 2025-12-30 19:27:28 +0800
  • f915461205 解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试 zzh 2025-12-30 18:04:12 +0800
  • d56d926b6e 找到并行的问题了，是kt_for的steal策略，会导致处理的数据的idx小于已经处理过的。保留调试信息，并行结果和串行一致了 zzh 2025-12-30 12:48:59 +0800
  • 84463ede19 初步并行实现，还没完全 zzh 2025-12-30 03:14:05 +0800
  • 3815a67618 修改多维数组实现方式，更有利于连续访存，修改reclatable的索引次序 zzh 2025-12-30 01:21:13 +0800
  • b526306e87 继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题 zzh 2025-12-29 23:18:46 +0800
  • 1e5a291eb7 重构了一下，大数据问题还没解决 zzh 2025-12-29 19:36:38 +0800
  • 1864736509 改了一些问题，小数据集结果没问题，但是对于5G的稍微大一些的数据集还是错误 zzh 2025-12-29 16:48:55 +0800
  • 1cd1a72760 修复了一个bug，把结果代码移除round循环，对于大文件(5G的fastdup-mini)结果不对，差挺多 zzh 2025-12-28 23:43:58 +0800
  • 6662435948 上一个commit为啥没有包含所有更改文件 zzh 2025-12-28 23:06:03 +0800
  • 8e3388a494 在小数据集上结果与gatk一致（版本gatk-package-4.6.2.0-17） zzh 2025-12-28 23:04:45 +0800
  • 146055fc01 bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下 zzh 2025-12-28 14:33:45 +0800
  • 25f079b936 串行版本还差最后一步，将信息合并到数据汇总表中 zzh 2025-12-24 12:47:26 +0800
  • 1e9b58fac1 到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化 zzh 2025-12-20 16:35:45 +0800
  • 0fca937fab 搭建串行框架 zzh 2025-12-04 22:26:13 +0800
  • 14f1611ab6 FastBQSR Init and Merge zzh 2025-11-23 23:07:13 +0800
  • e4d26486ef FastBQSR Init zzh 2025-11-23 23:03:37 +0800
  • f496edb5be Initial commit zzh 2025-04-15 16:48:36 +0800