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b38214edd9
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同上
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2026-01-06 14:40:04 +08:00 |
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90f6bc5cc0
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测试过了5.1GB的数据，串行和多线程结果一致
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2026-01-06 14:39:48 +08:00 |
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zzh
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4f9fecf078
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实现了并行，小数据上结果一致，大数据还没测试
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2026-01-05 02:17:36 +08:00 |
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zzh
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022e70e1f3
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解决了bug，现在apply bqsr结果一致了，原因是读取bqsr table的时候，并没有将table中的empiricalQuality赋值给Datum，是后续在计算质量分数的时候重新计算的empiricalQuality
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2026-01-04 16:27:50 +08:00 |
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zzh
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94e06338cd
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实现了apply bqsr的单线程版本，结果还有点错误，继续调试
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2026-01-03 22:10:46 +08:00 |
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zzh
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985875ebac
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调整了计算read group的方式，当read group只有一个时，不需要计算
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2026-01-01 09:40:46 +08:00 |
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745963831d
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完善了统计时间
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2026-01-01 00:41:55 +08:00 |
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zzh
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95c4a16151
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终于解决了最后的bug，并行结果与串行结果一致，与gatk一致。是index的search interval函数导致的，之前这个函数搜索的区间是包含大于等于start，而且大于等于end，正确的搜索应该是变异的end大于等于start
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2025-12-31 23:01:16 +08:00 |
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zzh
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65878bbf96
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对5.1G的数据，串行结果正确了，并行结果还没测试
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2025-12-31 11:16:13 +08:00 |
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zzh
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81cbd6831c
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又解决了一个bug，忽略了有些read的过滤，把过滤函数放到append_one_bam里就好了，现在发现串行和并行结果还是有点不一致，正在调试
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2025-12-30 19:27:28 +08:00 |
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zzh
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f915461205
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解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试
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2025-12-30 18:04:12 +08:00 |
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zzh
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d56d926b6e
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找到并行的问题了，是kt_for的steal策略，会导致处理的数据的idx小于已经处理过的。保留调试信息，并行结果和串行一致了
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2025-12-30 12:48:59 +08:00 |
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zzh
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84463ede19
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初步并行实现，还没完全
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2025-12-30 03:14:05 +08:00 |
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zzh
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3815a67618
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修改多维数组实现方式，更有利于连续访存，修改reclatable的索引次序
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2025-12-30 01:21:13 +08:00 |
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b526306e87
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继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题
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2025-12-29 23:18:46 +08:00 |
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zzh
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1e5a291eb7
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重构了一下，大数据问题还没解决
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2025-12-29 19:36:38 +08:00 |
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zzh
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1864736509
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改了一些问题，小数据集结果没问题，但是对于5G的稍微大一些的数据集还是错误
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2025-12-29 16:48:55 +08:00 |
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1cd1a72760
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修复了一个bug，把结果代码移除round循环，对于大文件(5G的fastdup-mini)结果不对，差挺多
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2025-12-28 23:43:58 +08:00 |
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6662435948
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上一个commit为啥没有包含所有更改文件
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2025-12-28 23:06:03 +08:00 |
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8e3388a494
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在小数据集上结果与gatk一致（版本gatk-package-4.6.2.0-17）
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2025-12-28 23:04:45 +08:00 |
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146055fc01
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bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下
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2025-12-28 14:33:45 +08:00 |
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25f079b936
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串行版本还差最后一步，将信息合并到数据汇总表中
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2025-12-24 12:47:26 +08:00 |
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1e9b58fac1
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到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化
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2025-12-20 16:35:45 +08:00 |
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0fca937fab
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搭建串行框架
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2025-12-04 22:26:13 +08:00 |
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14f1611ab6
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FastBQSR Init and Merge
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2025-11-23 23:07:13 +08:00 |
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zzh
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e4d26486ef
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FastBQSR Init
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2025-11-23 23:03:37 +08:00 |
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zzh
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f496edb5be
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Initial commit
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2025-04-15 16:48:36 +08:00 |