/*
     Description: 计算mate sw过程用到的一些数据和函数

     Copyright : All right reserved by ICT

     Author : Zhang Zhonghai
     Date : 2026/01/12
*/

#pragma once

#include <stdint.h>

#include "ksw_align_avx.h"
#include "kvec.h"

// 需要做mate sw的read
typedef struct {
    uint8_t is_rev;  // seq是否在反向互补链上
    uint8_t skip; // 记录任务创建时候的skip状态
    int xtra;
    int64_t rb, re;  // ref的起始截止位置，左闭右开
    int64_t seq_id;  // 对应的当前数据块的seq id
    int aj; // 对应的pair-end的第几个aln;
    int to; // task order,因为u8和i16分开放入的，但是他们也是有顺序的，这个用来排序
    kswr_avx_t aln;
} msw_task_t;

// mate sw task数组
typedef kvec_t(msw_task_t) msw_task_v;

// mate sw task的指针数组
typedef kvec_t(msw_task_t*) msw_task_ptr_v;

//////////////////////////////////////////////

// 用来存放获取的mate sw阶段的ref序列
typedef kvec_t(byte_v) byte_vv;

// 记录一些用到的数据统计，比如最长ref长度，最长seq长度等
typedef struct {
    int max_seq_len;
    int max_ref_len;  // mate sw里的最长的ref长度
} msw_stats_t;

// 用于记录参与计算的query，只保存指针
typedef struct {
    uint8_t* seq;  // 只是指向seq的指针
    int l_seq;     // seq长度
} msw_seq_t;
typedef kvec_t(msw_seq_t) msw_seq_v;

// 用于记录参与计算的ref，只保存指针
typedef struct {
    uint8_t* ref;
    int l_ref;
} msw_ref_t;
typedef kvec_t(msw_ref_t) msw_ref_v;

// 记录结果
typedef kvec_t(kswr_avx_t) msw_kswr_v;

////////////////////////////////////////////

// mate sw相关的所有数据
typedef struct {
    msw_task_v* t_msw_tasks_u8;  // 线程内收集需要做mate sw的任务的数据
    msw_task_v* t_msw_tasks_i16;
    msw_task_ptr_v p_msw_tasks_u8; // 线程共享的mate sw task指针
    msw_task_ptr_v p_msw_tasks_i16;
    msw_buf_t* t_msw_buf; // 每个线程一个，mate sw 缓存
    msw_stats_t* t_msw_stats; // 每个线程一个，统计信息
    msw_stats_t p_msw_stats; //只是用来开辟空间
    byte_vv* t_msw_ref_buf;  // ref的缓存
    byte_vv* t_msw_seq_buf; // seq的缓存，因为有些seq需要反向互补，而且用了buf之后，第二阶段反转不需要再还原了

    msw_ref_v* t_msw_1_refs; // msw 第一阶段数据
    msw_seq_v* t_msw_1_seqs;
    int_v* t_msw_1_xtras;
    msw_kswr_v* t_msw_1_kswrs;

    msw_ref_v* t_msw_2_refs;  // msw 第一阶段数据
    msw_seq_v* t_msw_2_seqs;
    int_v* t_msw_2_xtras;
    msw_kswr_v* t_msw_2_kswrs;

} msw_data_t;

void init_msw_data(msw_data_t* msw, int n_threads, int msw_batch_size);