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BWA-FastAlign
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Commit Graph

  • e701805337 处理read seq的潜在的bug main zzh 2026-01-25 23:13:49 +0800
  • fd21021e6a 清理了一下代码，优雅的处理u8和i16 zzh 2026-01-18 01:59:42 +0800
  • 56c687d23d 改变了seq与task关联的方式，在线程中将task信息与对应的seq关联 zzh 2026-01-18 00:40:44 +0800
  • 2c1f58fb50 添加了SAM_EXACT宏定义，可以选择结果精确（与bwa一致），或者更快一点，容许不一致，其实没有损失精度，结果不一致只是bwa里的排序不稳定导致的 zzh 2026-01-17 23:46:16 +0800
  • 3dfff494f7 msw添加aln时，尝试了新的高效率的方式，结果还是差一些，代码保留，等会儿clean一下 zzh 2026-01-17 22:54:03 +0800
  • e335e79543 结果正确了，gen-sam过程应该还有性能提升空间 zzh 2026-01-17 01:00:43 +0800
  • 67cbb5b8e9 改了几个bug，比如gen_sam需要全局id，dedup-sort需要一个一个做，现在还有一个问题，就是dedup-sort之后有些skip结果会变 zzh 2026-01-16 22:16:16 +0800
  • fb0cd0f663 修正了几个bug，但是目前结果还是不一致，还得继续调试 zzh 2026-01-16 02:54:10 +0800
  • e997699a47 修正了一个bug，是xtra赋值搞错了，第二阶段应该赋值给xtras2 zzh 2026-01-15 23:04:02 +0800
  • 4c5e1e2fa1 完成了matesw的代码，但是还有bug，结果不一致 Zhang Zhonghai 2026-01-13 23:37:06 +0800
  • 64b6f1fab2 粗糙的完成了mate sw计算，应该还有bug Zhang Zhonghai 2026-01-12 02:03:29 +0800
  • 48fa3703ba 重构matesw计算，完成了一半的计算 Zhang Zhonghai 2026-01-11 12:55:11 +0800
  • ac93233f2f Fix a bug in indexing process Zhang Zhonghai 2026-01-07 17:27:02 +0800
  • 0e7d839b2e
         Add test datasets in README Yewen Li 2026-01-07 13:57:08 +0800
  • 98f8a27a7c
         Rename FastAlign to BWA-FastAlign in README Yewen Li 2026-01-04 00:09:48 +0800
  • 643832af09
         Revise README to enhance documentation and clarity Yewen Li 2025-12-11 18:41:20 +0800
  • 807c32066a update readme zzh 2025-08-31 18:12:47 +0800
  • 9afd9ed39c modify readme zzh 2025-01-14 14:36:02 +0800
  • 0753e77293 Fast NGS sequence alignment tool based on bwa-mem. zzh 2025-01-14 14:34:09 +0800
  • 16a60b3db3
         Initial commit zzhofict 2025-01-14 14:28:47 +0800