zzh
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fd21021e6a
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清理了一下代码，优雅的处理u8和i16
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2026-01-18 01:59:42 +08:00 |
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zzh
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56c687d23d
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改变了seq与task关联的方式，在线程中将task信息与对应的seq关联
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2026-01-18 00:40:44 +08:00 |
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zzh
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2c1f58fb50
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添加了SAM_EXACT宏定义，可以选择结果精确（与bwa一致），或者更快一点，容许不一致，其实没有损失精度，结果不一致只是bwa里的排序不稳定导致的
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2026-01-17 23:46:16 +08:00 |
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zzh
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3dfff494f7
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msw添加aln时，尝试了新的高效率的方式，结果还是差一些，代码保留，等会儿clean一下
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2026-01-17 22:54:03 +08:00 |
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zzh
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e335e79543
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结果正确了，gen-sam过程应该还有性能提升空间
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2026-01-17 01:00:43 +08:00 |
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zzh
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67cbb5b8e9
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改了几个bug，比如gen_sam需要全局id，dedup-sort需要一个一个做，现在还有一个问题，就是dedup-sort之后有些skip结果会变
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2026-01-16 22:16:16 +08:00 |
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zzh
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fb0cd0f663
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修正了几个bug，但是目前结果还是不一致，还得继续调试
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2026-01-16 02:54:10 +08:00 |
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zzh
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e997699a47
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修正了一个bug，是xtra赋值搞错了，第二阶段应该赋值给xtras2
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2026-01-15 23:04:02 +08:00 |
Zhang Zhonghai
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4c5e1e2fa1
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完成了matesw的代码，但是还有bug，结果不一致
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2026-01-13 23:37:06 +08:00 |
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Zhang Zhonghai
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64b6f1fab2
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粗糙的完成了mate sw计算，应该还有bug
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2026-01-12 02:03:29 +08:00 |
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Zhang Zhonghai
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48fa3703ba
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重构matesw计算，完成了一半的计算
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2026-01-11 12:55:11 +08:00 |