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Description: 计算mate sw过程用到的一些数据和函数
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Copyright : All right reserved by ICT
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Author : Zhang Zhonghai
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Date : 2026/01/12
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#pragma once
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#include <stdint.h>
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#include "ksw_align_avx.h"
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#include "kvec.h"
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// 需要做mate sw的read
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typedef struct {
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int is_rev; // seq是否在反向互补链上
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int xtra;
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int64_t rb, re; // ref的起始截止位置，左闭右开
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int64_t seq_id; // 对应的当前数据块的seq id
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int aj; // 对应的pair-end的第几个aln;
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int to; // task order,因为u8和i16分开放入的，但是他们也是有顺序的，这个用来排序
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kswr_avx_t aln;
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} msw_task_t;
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// mate sw task数组
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typedef kvec_t(msw_task_t) msw_task_v;
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// mate sw task的指针数组
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typedef kvec_t(msw_task_t*) msw_task_ptr_v;
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// 用来存放获取的mate sw阶段的ref序列
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typedef kvec_t(byte_v) byte_vv;
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// 记录一些用到的数据统计，比如最长ref长度，最长seq长度等
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typedef struct {
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int max_seq_len;
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int max_ref_len; // mate sw里的最长的ref长度
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} msw_stats_t;
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// 用于记录参与计算的query，只保存指针
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typedef struct {
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uint8_t* seq; // 只是指向seq的指针
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int l_seq; // seq长度
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} msw_seq_t;
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typedef kvec_t(msw_seq_t) msw_seq_v;
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// 用于记录参与计算的ref，只保存指针
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typedef struct {
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uint8_t* ref;
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int l_ref;
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} msw_ref_t;
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typedef kvec_t(msw_ref_t) msw_ref_v;
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// 记录结果
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typedef kvec_t(kswr_avx_t) msw_kswr_v;
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// mate sw相关的所有数据
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typedef struct {
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msw_task_v* t_msw_tasks_u8; // 线程内收集需要做mate sw的任务的数据
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msw_task_v* t_msw_tasks_i16;
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msw_task_ptr_v p_msw_tasks_u8; // 线程共享的mate sw task指针
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msw_task_ptr_v p_msw_tasks_i16;
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msw_buf_t* t_msw_buf; // 每个线程一个，mate sw 缓存
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msw_stats_t* t_msw_stats; // 每个线程一个，统计信息
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msw_stats_t p_msw_stats; //只是用来开辟空间
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byte_vv* t_msw_ref_buf; // ref的缓存
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byte_vv* t_msw_seq_buf; // seq的缓存，因为有些seq需要反向互补，而且用了buf之后，第二阶段反转不需要再还原了
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msw_ref_v* t_msw_1_refs; // msw 第一阶段数据
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msw_seq_v* t_msw_1_seqs;
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int_v* t_msw_1_xtras;
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msw_kswr_v* t_msw_1_kswrs;
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msw_ref_v* t_msw_2_refs; // msw 第一阶段数据
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msw_seq_v* t_msw_2_seqs;
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int_v* t_msw_2_xtras;
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msw_kswr_v* t_msw_2_kswrs;
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} msw_data_t;
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void init_msw_data(msw_data_t* msw, int n_threads, int msw_batch_size);
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