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zzh / BWA-FastAlign

C 0 0

结合fmt-index，pattern-based sw优化，低内存占用，高性能的序列比对程序，结果与bwa-mem一致

Updated 2026-01-25 23:13:55 +08:00

zzh / hyb-align

C 0 0

提出基于hybrid-index的seeding算法，提升bwa-mem的seeding阶段的性能

Updated 2026-01-19 15:00:53 +08:00

zzh / FastBQSR

C 0 0

对GATK bqsr部分进行并行优化

Updated 2026-01-06 14:40:08 +08:00

zzh / FastSort

C 0 0

# FastSort 对sam/bam文件进行排序，速度更快

Updated 2025-12-16 23:44:54 +08:00

zzh / sw_perf

C 0 0

将bwa的sw extend代码部分抽出来，做benchmark

Updated 2025-09-18 15:15:32 +08:00

zzh / fast-bwa

C 0 0

基于bwa，做一些优化，注释

Updated 2025-06-16 10:12:09 +08:00

zzh / FastDup

C 0 0

快速去冗余，输入是按照坐标排序的BAM/SAM文件

Updated 2025-04-23 15:07:31 +08:00

zzh / bwa

C 0 0

对bwa-mem过程进行加速优化

Updated 2023-08-24 14:30:07 +08:00

zzh / minimap2

C 0 0

针对三代测序的比对工具，在原程序基础之上，做一些并行优化

Updated 2023-08-10 15:56:20 +08:00